1972年、アポロ計画の最中に月で地球と火星を繋ぐ古代文明の遺産「ハイパーゲート」が発見された。地球はレイレガリア博士を中心とする調査団を火星に派遣する。その後、火星で古代火星文明のテクノロジー「アルドノア」が発見され、火星側の独占の主張と地球側の共有化の主張が対立し、徐々に火星と地球との軋轢が増加していった。

1985年、レイレガリア博士は自らを皇帝と称し、火星に「ヴァース帝国」を建国。1999年、新皇帝となったレイレガリアの息子、ギルゼリアが地球へ宣戦を布告する。しかし、突如ハイパーゲートが暴走を起こし月が砕ける大惨事「ヘブンズ・フォール」が発生。ギルゼリアの戦死も伴い、2000年に地球と火星間で休戦が結ばれた。この時の教訓から地球側は火星軍との交戦を想定して、人型機動兵器「カタフラクト」の操縦・戦闘技術を義務教育として指導することを決定する。

2014年、休戦から10年以上が経った現在も地球側と火星側の和平交渉が進められていた。

放課後、伊奈帆は級友と共に新芦原市で行われるアセイラムのパレードの手伝いをさせられる。だが、そのパレードはテロリストによる襲撃を受け、彼女は生死不明となる。火星側はこれを地球による宣戦布告と判断して休戦協定を破棄し、地球の衛星軌道上に駐屯していた火星騎士の軍勢が地球へと降下、世界各国に攻撃を開始する。

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